Taxonomie und Nomenklatur (API)

Schlüsselkonzepte

In FloraWeb werden Informationen zu einem Taxon aus unterschiedlichen Quellen auf einer Steckbriefseite zusammengeführt. Die Verwendung eines Taxon-Namens in einer Quelle muss daher im Hinblick auf das damit verbundene taxonomische Konzept (taxonomischer Umfang = Menge der zur Merkmalsklasse des Taxons zugehörigen Individuen) interpretiert und dem taxonomischen Konzept der FloraWeb-Referenz zugeordnet werden.

nameID

Jeder wissenschaftliche Name der taxonomischen Referenz hat daher eine eindeutige ID eines Namens (NAMNR=NameID), die die Verwendung eines Namens im Sinne des durch den Bezug auf die TaxonID gegebenen taxonomischen Konzeptes der Referenzliste definiert.
Wird derselbe wissenschaftliche Name mit verschieden umfänglichen taxonomischen Konzepten verwendet, wird für jede der Verwendungen eine eigene NameID vergeben und dies durch entsprechende taxonomische Zusätze wie "sensu lato (s. l.)", "sensu stricto (s. str.)" oder "secundum (sec.) <Referenz>" gekennzeichnet.

taxonID

In der taxonomischen Referenz von FloraWeb werden zur Umgrenzung und Definition des verwendeten Taxon-Konzeptes der ID eines Taxons (SIPNR=TaxonID) folgende Informationen zugeordnet:

  • der aktuell angenommene (akzeptierte) wissenschaftliche Name inkl. Autoren und taxonomischen sowie nomenklatorischen Zusätzen im Sinne des über die TaxonID adressierten taxonomischen Konzeptes
  • diesem als nomenklatorische Synonyme und taxonomische (Konzept-)Synonyme zugeordnete wissenschaftliche Namen inkl. Autoren und taxonomischen und nomenklatorischen Zusätzen
  • diesem systematisch untergeordnete Taxa, die im Konzept des Taxons miteingeschlossen sind, mit ihren jeweiligen angenommenen wissenschaftlichen Namen inkl. Autoren sowie den diesen als Synonyme zugeordneten wissenschaftlichen Namen inkl. Autoren und Zusätzen

Wird in den für FloraWeb ausgewerteten Quellen nicht der aktuell akzeptierte Name zu einem Taxon verwendet, sondern ein aus heutiger Sicht als Synonym angesehener Name, bleibt die Verwendung des Synonyms mit der NameID (NAMNR) dieses Namens in der Datenbank referenziert. Damit können auch bei künftigen Revisionen die darüber referenzierten Informationen ggf. neu zugeordnet werden.

taxonbyid - Taxonomische Informationen zu einer TaxonID

Entsprechend der obigen Erläuterung liefert die Abfrage zu einer TaxonID einen bis beliebig viele (1 -n) Datensätze mit den nomenklatorischen und taxonomischen Informationen der wissenschaftlichen Namen, die einem Taxon als akzeptierter Name, als Synonyme und ggf. darin inkludierter Taxa zugeordnet sind.

Das Basis-XSQL-Skript für diese Abfrage heisst taxonbyid. Es wird je nach dem vorgesehenen Ausgabeformat mit _html, _json oder _xml ergänzt. Entsprechend sind die XSL-Transformationsdateien benannt, wobei für die Ausgabe der generischen XML-Struktur des XSQL-Servlets keine solche erforderlich ist.

Die XSQL-Skripte liegen im Verzeichnis (Zweig) /xsql von FloraWeb. Sie können mit Übergabe des Abfrage-Parameters taxonid (get-Parameter der url) an das Skript aufgerufen werden:

Alternativ kann der gleiche Aufruf jeweils auch als URL-Pfad erfolgen, wobei die TAXON-ID als letztes Element des Pfades übergeben wird. Die URL (uniform ressource location) wird dadurch zugleich zu einem persistenten URI (uniform ressource identifier), der als universell gültiger Schlüssel für ein FloraWeb-Taxon verwendet werden kann.

Die Umsetzung der URL-Pfade in die parametrisierten Skript-Aufrufe erfolgt über rewrite-Regeln in der Webserver-Konfiguration. Damit werden die Adressen auch von einer möglichen Verlagerung der Skripte in andere Verzeichnisstrukturen unabhängig.

namebyid - Nomenklatorische Informationen zu einer NameID

Die NameID ist eindeutig (unique) für die Verwendung eines wissenschaftlichen Namens im Kontext referenzierter Quellen. Die Adressierung über die NameID liefert daher immer genau einen Datensatz als Ergebnis.
Sind dieselben wissenschaftlichen Namen zu unterschiedlichen Zeiten oder in unterschiedlichen Regionen für verschieden weite Konzepte eines Taxons verwendet worden, werden dafür auch unterschiedliche, dies eindeutig kennzeichnende NAME-IDs vergeben.


Das Basis-XSQL-Skript für diese Abfrage heißt namebyid. Es wird je nach dem vorgesehenen Ausgabeformat mit _html, _json oder _xml ergänzt. Entsprechend sind die XSL-Transformationsdateien benannt, wobei für die Ausgabe der generischen XML-Struktur des XSQL-Servlets keine erforderlich ist.

Die XSQL-Skripte liegen im Verzeichnis (Zweig) /xsql von FloraWeb. Sie können mit Übergabe des Abfrage-Parameters nameid (get-Parameter der URL) an das Skript aufgerufen werden:

Alternativ kann der gleiche Aufruf jeweils auch als URL-Pfad erfolgen, wobei die TAXON-ID als letztes Element des Pfades übergeben wird. Die URL wird dadurch zugleich zu einem persistenten URI für eine Namens-Verwendung in FloraWeb.

Die Umsetzung der URL-Pfade in die parametrisierten Skript-Aufrufe erfolgt über rewrite-Regeln in der Webserver Konfiguration.

Treffer zu einem wissenschaftlichen Namen

Mit den Anfangsbuchstaben für einen Gattungsnamen sowie einem Teilstring für ein Art-Epithet (beides obligatorisch) kann eine Trefferliste korrespondierender Namen aus der taxonomischen Referenz von FloraWeb abgefragt werden. Es wird momentan nur eine Ausgabe im JSON-Format erzeugt, da die gleiche Funktionalität bereits auch bei der Namenssuche in FloraWeb vorhanden ist.

URL zur Ausgabe einer Trefferliste ist:

https://www.floraweb.de/xsql/taxnames_json.xsql?gat=lin&art=bor

Suchparameter der URL sind gat= und art=. Die Trefferliste enthält alle Namen, die als Gattungsname mit der eingegebenen Zeichenkette für den Parameter gat beginnen und deren Art-Epithet mit der Zeichenkette für den Parameter art beginnt. Groß-/Kleinschreibung wird nicht berücksichtigt.

Ausgabe:

{"records":[ {"nameId":3436,"taxonId":3436,"accNameId":3436,"synFlag":"1","synStatus":"accName","sciName":"Linnaea borealis L.","accSciName":"Linnaea borealis L.","gridFreq":257,"florStatus":"I"}, {"nameId":35365,"taxonId":35365,"accNameId":35365,"synFlag":"1","synStatus":"accName","sciName":"Linnaea borealis subsp. borealis","accSciName":"Linnaea borealis subsp. borealis","gridFreq":0,"florStatus":"I"}]}

Die Elemente nameId und taxonId liefern jeweils die ID's für die beiden oben beschriebenen Schnittstellenaufrufe zur Abfrage der weiteren Informationen zur Namensverwendung oder zum kompletten „Namensschwarm“ eines Taxons.